Restauraciones
Las últimas intervenciones de restauración y conservación de la Puerta de San Sebastián se remontan a 1999 y forman parte del programa general de recalificación de las murallas urbanas aprobado por el Ayuntamiento de Roma en vistas al Jubileo de 2000. El proyecto preveía reformas tanto en el exterior como en el interior del monumento, lo que abarcaba las estancias destinadas a convertirse en salas expositivas.
La restauración del exterior de ladrillo compacto, toba y mármol se vio precedida por un tratamiento de eliminación de vegetación infestante con productos especiales entre los que se hallaban biocidas para eliminar las algas, moho y microorganismos. Luego siguió una limpieza de los lienzos de ladrillo con agua a baja presión para eliminar los depósitos negruzcos y las incrustaciones derivadas de la contaminación atmosférica. La limpieza de los bastiones de mármol fue más compleja y precisó la instalación de un sistema de nebulización de agua para eliminar las tenaces costras negras, en particular bajo los arcos, conservando las capas de pátina ocrácea y el oxalato, ambas reconocidas como un aspecto de la vida del monumento.
La restauración fue especialmente delicada porque se trabajaba en un monumento de composición heterogénea, tanto por la variedad de materiales, como por la diversidad de los tiempos de construcción. Toda la muralla exterior presentaba un notable estado de degradación debido a que el mortero no esta cohesionado y a la erosión de los materiales que forman el conglomerado interior, situación que había provocado el desprendimiento de diversos fragmentos. Las operaciones para consolidar la estructura incluyeron la adición en las fisuras y entre las distintas capas de mortero hidráulico y cal aérea de distinta granulometría y coloración para confundirse con el contexto de aplicación. En lo que se refiere a la reconstrucción de partes perdidas de la muralla, siguiendo el criterio de conservar al máximo lo existente, se decidió intervenir sólo en casos de necesidad derivados de la profundidad y extensión de la zona ausente y a los consiguientes problemas estáticos. Sobre estos últimos, también se procedió a revisar tanto los tirantes metálicos (cadenas) colocados en anteriores restauraciones, como todo el almenado de las terrazas, torres y cuerpo central sobre el arco.
Gracias a estas reparaciones se ha podido abrir al público la terraza de la Torre Oeste sobre la que se ha colocado una barandilla y unas rejas de metal y plexiglás con cierre hermético para proteger la salida, a la que se accede desde abajo a través de una escalera de caracol. Se repitió este proceder en la otra torre. En el interior del museo se rehicieron los arcos de las ventanas, algunos alfeizares, los baños públicos, la instalación eléctrica y la pintura de las paredes de ciertas salas.